С 1982 по 2002 гг. И.П.
Кружилин работал директором Всероссийского научно-исследовательского института орошаемого земледелия, в настоящее время он является главным научным сотрудником института. Во настоящее время институт под научным руководством И.П.
Кружилина выполняет научные исследования в соответствии с Программой фундаментальных научных исследований государственных академий наук на 2013-2020 годы, составляющей основу Государственного задания ФГБНУ ВНИИОЗ на оказание государственных услуг и выполнение государственных работ.При непосредственном участии И.П. Кружилина за эти годы разработаны теория, методы и технологии комплексной мелиорации орошаемых земель, которые позволяют реализовать экологически безопасные, ресурсосберегающие
.