Анаэробный способ предполагает хранение навоза с ограниченным доступом воздуха. Данный способ еще называют холодным, т.к.
без поступления кислорода навоз сильно не разогревается: обычно температура внутри плотной массы не поднимается выше 40°С. При анаэробном способе разложение навоза происходит медленнее (это минус), зато питательные вещества сохраняются лучше, потеря азота минимальна и не превышает 10-12% – это плюс данного способа.